По сути вопроса могу сказать вот что, хотя большим спецом себя не считаю. Если нет возможности выдержать паузу в реарьном времени, то есть при наборе номера "пальцем", то
1. Попробуйте, хотя, я не уверен, что получится, вставить исходящем правиле, в префиксе, букву p (латинскую, от слова pause), или , (запятую)
2. Если в 3CX это сделать нельзя, нужно вставить эти же символы в Digit Map вашего шлюза, то есть в его таблицу правил набора. Ко всем шлюзам в инструкции сказано, как на них набирается пауза.
Больше ничего тут не подскажешь.