3CX изначально создается для Linux, поэтому лучше использовать эту версию. Можно на Windows Server на виртуальной машине. Версию для Windows имеет смысл использовать, если у вас используются хитрые интеграции, которые сложно поддерживать на Linux. Кроме того, Windows версия теперь доступна только в редакции Enterprise, т.е. дороже.