Все переходы по меню логируются. Но как удобно их перехватывать, решать вам.
1. 3CX Call Control API
2. Скрипт VAD
3. Анализ логов сервера или отчетов. Но, боюсь, что отчеты о вызовах вам покажут только первый перход после получения вызова.
Вообще, лучший вариант это VAD. Можно создать несколько связанных меню и они будут собирать наиболее удобную статистику.