Обработка (галочка) E164 нужна если ВСЕ номера в вашей адресной книге записаны в одном формате с +, но при этом пользователи на телефонах часто набирают локальные или междугородные номера вручную в удобном для них формате. При этом не нужно делать дополнительные правила. Например, пользователь набирает на аппарате номер по стране, БЕЗ + и префикса страны. Срабатывает обычное исходящее правило. А потом он набирает этот же номер из CRM (с +). Вот тогда E164 обрезает все лишнее, ПРЕОБРАЗУЯ номер в тот же фомат, который набирает пользователь вручную. Преобразованный номер ТОЖЕ пойдет по стандарным правилам.
E164 не используется, если вы звоните заграницу, ведь для этого нужно набирать полный номер с + (или с 00 - то же самое).
Кроме того, вы, действительно, должны получить от оператора связи ФОРМАТ, в котором он ожидает от вас номера (локальные, национальный, международный).